Le mammouth, disparu il y a environ 4 000 ans, conserve de nombreux mystères. Des chercheurs du Centre de paléogénétique de Stockholm, dirigés par Benjamin Guinet, ont entrepris d’examiner les microbes qui cohabitaient avec ce géant préhistorique. 483 échantillons provenant de dents, crânes et tissus cutanés ont été analysés, couvrant plus d’un million d’années jusqu’à l’extinction de l’espèce. Parmi ces spécimens, 440 ont été récemment séquencés, incluant un mammouth des steppes datant d’un million d’années.
L’extraction de l’ADN microbien présente des défis considérables. Après la mort d’un animal, divers microorganismes colonisent rapidement les tissus : bactéries du sol, microbes de décomposition et contaminations externes pendant l’excavation et le travail en laboratoire. Distinguer les véritables microbes du microbiome des contaminants externes requiert une méthodologie rigoureuse. Les chercheurs ont comparé les séquences microbiennes aux échantillons prélevés sur le site et en laboratoire pour séparer les données fiables des artefacts.
L’analyse a révélé plusieurs groupes microbiens dominants probablement associés aux mammouths. Les bactéries apparentées à Actinobacillus se sont avérées les plus courantes, détectées principalement dans les dents grâce à leur structure poreuse favorisant la préservation de l’ADN. Une découverte particulièrement significative concerne un génome partiel du genre Erysipelothrix, représentant l’association hôte-bactérie la plus ancienne connue à ce jour.
Les chercheurs ont également identifié des souches apparentées à une bactérie ayant provoqué une septicémie mortelle chez des éléphants d’Afrique en 2020. Cette observation suggère que les mammouths auraient pu être vulnérables à cette infection. Des microbes oraux familiers, notamment des Streptococcus, ont également été détectés, semblables à ceux présents chez les animaux contemporains.
Les scientifiques ne peuvent actuellement pas affirmer que ces microorganismes ont causé la mort des individus étudiés en raison des quantités insuffisantes d’ADN microbien retrouvé. Les microbes découverts étaient probablement des opportunistes pouvant provoquer des maladies ou contribuer à la digestion et la santé dentaire. Leur rôle potentiel dans des épidémies ayant contribué à l’extinction, aux côtés du changement climatique et de la chasse, reste une question ouverte.
